El hotel cuenta con 372 habitaciones. Las comodidades incluyen caja fuerte, acceso a Internet (de pago) y acceso inalámbrico a Internet en las zonas públicas, restaurante, comedor, cafetería y bar. Los huéspedes que lleguen en sus propios vehículos pueden aparcar en el aparcamiento. Otros servicios incluyen servicio de habitaciones. Hay una zona de negocios con una sala de conferencias y un centro de negocios.
El hotel San Diego Marriott La Jolla, con una ubicado ideal en el Golden Triangle de San Diego, ofrece acceso conveniente a la University of California at San Diego y al Scripps Research Institute; además, el centro comercial University Towne Centre se encuentra frente al hotel.
El hotel ofrece habitaciones familiares y habitaciones para no fumadores. Todas las habitaciones cuentan con aire acondicionado y baño. En la mayoría de las habitaciones, los huéspedes pueden disfrutar de un balcón con agradables vistas. Las habitaciones disponen de nevera, set de té y café, set de plancha, acceso a Internet, teléfono, televisión y acceso inalámbrico a Internet. Cada uno de los cuartos de baño cuenta con una ducha y un secador de pelo.
Actividades deportivas y de ocio ofrecidas por el hoteles y colaboradores externos. El hotel ofrece una piscina al aire libre, un gimnasio y una sauna.